升级避难所设施和优化管理策略是保护居民安全的核心手段。通过合理分配资源、强化防御建设以及提升居民属性，可以有效应对外部入侵和内部灾害。游戏中的电力、食物、水是生存基础，需优先保障其稳定供应。建造更多发电站、水处理厂和餐厅，并定期升级这些设施，能够避免资源短缺导致的连锁危机。合理布局房间，例如将防御性建筑靠近入口，可快速应对死爪等外敌袭击。
居民属性培养直接影响避难所的安全系数。利用训练室提升居民的S（力量）、E（耐力）、A（敏捷）等属性，可增强其在战斗和生产中的效率。高属性居民更适合派遣至废土探索或驻守关键岗位。为居民配备高伤害武器和防具，如激光加特林或等离子步枪，能显著提升整体防御能力。医疗室和科学实验室的升级也不容忽视，它们能提供更多治疗针和消辐宁，确保居民在灾害中存活。
防御系统的完善是应对突发危机的关键。大门升级后可延缓入侵者进度，但需在其后方布置高属性居民驻守。建议在入口区域集中放置6名武装居民，并配备自动武器以快速消灭死爪。内部灾害如火灾、辐射蟑螂等需通过极速模式管理风险，低风险时加速生产，高风险时避免操作以防灾害蔓延。巧手先生可用于自动采集资源，但需避免其参与战斗，因其无法治疗且复活成本高昂。
长期规划中，人口控制与幸福度管理同样重要。过快的生育会导致资源压力，建议通过广播站招募而非无限制生育。将男女居民分配到同一房间可临时提升幸福度，但需注意岗位匹配，例如高C（魅力）居民适合广播站或宿舍。保持充足资源储备和均衡分配，可避免居民因饥饿或辐射而降低生产力。定期检查仓库库存，及时清理冗余装备，优先保留高价值材料如化学瓶用于后期合成。
